Trung tâm có Ban Giám đốc và 05 đơn vị:
1. Phòng Thu thập và Chỉnh lý.
2. Phòng Bảo quản.
3. Phòng Phát huy giá trị tài liệu lưu trữ.
4. Phòng Tài liệu nghe nhìn.
5. Phòng Hành chính – Tổng hợp.